電子申告は、通常の紙ベースと異なる点は、
税務署・都税事務所への提出を紙で印刷したものではなく、電子データをインターネット経由で提出する点だけです。

但し、電子申告はすべての書類に対応しているわけではないので、一部の書類について郵送が必要となることもあります。　

　メリットとしては、書類の郵送が必要なくなるケースもある。ということです。

一方のデメリットは、
・データ送付まで手間と時間がかかる
・入力データにエラーがでて送付できないこともある
・最初のソフトのインストールが煩雑で時間がかかる
・休日等やシステムメンテナンスなどの場合、データ送信できない時がある

　などです。