会社としては、その従業員に損害賠償請求権という権利をもつ形となります。
すなわち貸付金と同様と考えていただければと思います。
　なお、貸倒処理にも簡単にできません。

　また、横領の場合は売上金を抜く（会社の帳簿に載せていない）ケースもあるわけですが、
その場合は、重加算税（本税の３５％）という重い罰金の対象にもなり、その他当然延滞税も発生します。

　従業員の横領は税務上も重い処置です。

従業員が委縮したらよくないですが
基本的な考えとしては、不正を考えてもできないような体制を作るという考えが望ましいです。　

　面倒だから、よくわからないから、任せたらほったらかしという経営者は結構いらっしゃいますが（とくに営業出身の経営者）、
税務上もペナルティが重いので、体制作りをご検討いただけたらと思います。
　体制作りは当然経営者の仕事となります。

　なお、小規模なうちはお金を扱う業務は、親族を起用するというのも１つの手です。