部門別会計の導入が考えられます。
また、会計で反映させなくてもエクセル等で集計する方法もあります。

　ただし、その導入にあたっては、
・手間からどこまで集計するか
・どのように実際進めるか

　などの課題がありますので、税理士にご相談の上、実行されることをお勧めします。