合同会社は株式会社より設立費用が安いのが（唯一の）メリットです。

　但し、合同会社はまだまだ一般的な認知度は高くないこともあり、以下のようなデメリットがあります。

・取引先からの信用度はまだ低いこと
・定款紛失時のリスクが株式会社より高いこと（公証人の定款認証が無いため）

　合同会社を設立して後悔される方も多く、あとから株式会社に組織変更という会社も見られます。
　詳しくは、独立支援座談会もご参照願います。
http://www.hara-zei.com/symposium/

ただし、小規模で事業を行い、あまり事業を拡張する予定の無い場合はコストも安いので、
合同会社も考えられます。