建物の建築代金は支払った段階では「建設仮勘定」として資産となります。
中間金は通常単なる前払金なので、消費税の控除もできません。

　もちろん、料金の中に例えば設計料が入っており、設計が終了していてその代金がその中間金の中に入っているようでしたら、
その設計料部分は仕事が終わってますので、その設計料の消費税は控除はできます。

　但し、現実問題として料金の中から中身を抜き出して個々の仕事が終わっているかを判定するのは簡単ではないので、
現実問題として建物が完成した際に一括で全体の消費税の控除を行なうのが一般的です。