外注費を払った場合、普通に外注費と処理し、消費税も会計ソフトでそのまま普通に消費税も抜き出す処理をしがちですが、
対象の工事が完成するまでの間は単なる前払金の成立ですので、実際に完成するまで消費税の控除も行えないこととなります。

出来高検収での都度支払いの場合は、その都度消費税の控除ができます。
　したがいまして、事務作業が少々煩雑になりますが、長期工事の場合、
都度検収できる工事は都度検収の契約形態を取る。というのも１つの対策案です。